Die Klinik für Kinder- und Jugendmedizin (Chefarzt: Priv.-Doz. Dr. med. Thomas Völkl) verfügt einschließlich der integrierten Kinder- und Jugendchirurgie über 135 Planbetten. Es sind nahezu alle pädiatrischen Subdisziplinen (Neonatologie, Intensivmedizin, Gastroenterologie, Ernährungsmedizin, Rheumatologie, Kardiologie, Pneumologie, Allergologie, Neuropädiatrie, Epileptologie (DGfE), Sozialpädiatrie, Endokrinologie, Diabetologie, Nephrologie, Psychosomatik, Schlafmedizin, Sonographie) im Rahmen oberärztlich geleiteter Fachbereiche etabliert. Zudem verfügt die Kinderklinik über eine Kinderschutzgruppe (DGKiM), eine Frauenmilchbank (EMBA), ein pädiatrisches Schlaflabor (DGSM) und eine Interdisziplinäre Frühförderstelle (IFS) sowie ein Interdisziplinäres Sozialpädiatrisches Zentrum (iSPZ) . Überregionale Versorgungsangebote bestehen für Dysraphien/Spina bifida, Mukoviszidose (MUKO.zert), als Diabetes-Exzellenzzentrum DDG, als Prader-Willi-Zentrum sowie für Fütter- und Regulationsstörungen (Stationäre Sozialpädiatrie). Ein besonderer Schwerpunkt ist unsere Neonatologie in einem der größten bayerischen Perinatalzentren (Level 1) mit ca. 3.400 Inhouse-Geburten pro Jahr.

Das Team im Fachbereich Kinder- und Jugendkardiologie (Leiter: Dr. med. Alexander Praus) besteht derzeit aus vier Kinderkardiologen (2,6 VK). Vorhanden sind Langzeit-EKG, -RR, Spiroergometrie sowie eine umfassende Echokardiographieausstattung. Es besteht neben einer täglichen kinderkardiologischen Spezialsprechstunde und einem stationären Schwerpunkt. Es besteht eine enge Zusammenarbeit mit den Herzzentren in München.