Die Klinik für Kinder- und Jugendmedizin (Chefarzt: Priv.-Doz. Dr. med. Thomas Völkl) verfügt einschließlich der integrierten Klinik für Kinder- und Jugendchirurgie und -urologie über 135 Planbetten. Es sind nahezu alle pädiatrischen Subdisziplinen im Rahmen oberärztlich geleiteter Fachbereiche etabliert. Hinzu kommen eine Interdisziplinäre Frühförderstelle (IFS), das Interdisziplinäres Sozialpädiatrisches Zentrum (iSPZ) und eines der größten bayerischen Perinatalzentren (Level 1) mit ca. 3.500 Inhouse-Geburten pro Jahr.

Das Team der Studienzentrale der Kinderklinik betreut über 20 klinische Studien und Register. Es werden nationale und multinationale Studien ab Phase 2 durchgeführt. Schwerpunkte sind derzeit Studienprojekte in der Neonatologie und Endokrinologie.