Das Robert Koch-Institut - das sind ca. 1.500 Köpfe aus über 52 Nationen mit einem Ziel: Die Gesundheit der Menschen zu schützen. Wir erheben und analysieren Gesundheitsdaten, erkennen Risiken, beraten Politik und Fachwelt und entwickeln neue wissenschaftliche Methoden. Unsere Standorte sind in Berlin, Wildau und Wernigerode.

Unser Team Fachgebiet MF 2 "Fachdaten-Kompetenzzentrum" freut sich auf Ihre Bewerbung!

Hierbei handelt es sich um eine Teilzeitposition mit 65 %, die es Ihnen unabhängig von Ihrer Arbeitszeit ermöglicht, Ihre Doktorarbeit anzufertigen.

Das DFG-geförderte Forschungsprojekt Confidence-MS entwickelt im Rahmen einer Promotion ein massenspektrometriebasiertes bioinformatisches Analyseframework zur Diagnostik mikrobieller Erreger weiter. Der Fokus liegt auf der schnellen Erkennung von Pathogenen mithilfe MS-basierter Proteomik, insbesondere in zeitkritischen Ausbruchssituationen und in der Mikrobiomanalyse.

Ihre Aufgabe bei uns

Entwicklung eines integrierten bioinformatischen Systems zur zuverlässigen Identifikation, Quantifizierung und funktionellen Charakterisierung von Pathogenen und mikrobiellen Gemeinschaften auf Basis von MS-Daten, insbesondere:

Erweiterung eines probabilistischen graphischen Modells zur stammaufgelösten Taxon-Identifikation (u.a. auf Basis der Proteogenomik) und Unsicherheitsabschätzung im Bereich der label-free Quantifizierung von Proteinen

• Entwicklung neuer statistischer Modellkomponenten sowie deren Optimierung zur funktionellen Analyse von Proteinen sowie umfangreicher Datenbank-Suchräume
• Aufbau maßgeschneiderter Suchstrategien sowie Entwicklung effizienter Algorithmen für DDA- und DIA-basierte Massenspektrometrie in Zusammenarbeit mit experimentellen Laboren (RKI-intern sowie extern)
• Implementierung anwenderfreundlicher Analyse- und Visualisierungsmodule
• Entwicklung eines Workflows zur Simulation realistischer Benchmark-Datensätze für die Methodenevaluierung sowie Benchmarking auf echten Datensätzen
• Ableitung von Best-Practice-Empfehlungen für diagnostische Anwendungsszenarien

Ihr Profil

Formale Voraussetzungen

• abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium (Master oder Diplom) in Bioinformatik, Informatik, Computational Biology, Biophysik, Datenwissenschaft oder einem verwandten Fach

Bei ausländischen Bildungsqualifikationen benötigen wir einen Nachweis über die Gleichwertigkeit mit einem deutschen Abschluss.

Kenntnisse und Erfahrungen

• in mindestens einer Programmiersprache, vorzugsweise Python oder C++
• in statistischer Modellierung, maschinellem Lernen oder algorithmischer Bioinformatik
• ausgeprägtes Interesse an methodischer Forschung, insbesondere probabilistischen Modellen, MS-Datenanalyse und wissenschaftlicher Softwareentwicklung
• Sprachkenntnisse (CEFR-Niveau): Deutsch mind. C1, Englisch mind. B2

Wünschenswert

• Grundkenntnisse in Proteomik, Massenspektrometrie oder genomischer Sequenzanalyse
• Vertrautheit mit Versionskontrollsystemen (z. B. GitLab, GitHub)
• Kenntnisse in bioinformatischen Workflow-Managementsystemen (z.B. Nextflow, Snakemake)
• Erfahrung in der Optimierung bioinformatischer Methoden und in der Entwicklung wissenschaftlicher Software
• Erfahrung im Arbeiten unter Linux sowie in HPC- oder Clusterumgebungen

Persönliche Kompetenzen

• Leistungsbereitschaft und ein hohes Engagement bei neuen Aufgaben
• Organisationsfähigkeit mit sinnvoll strukturierter Arbeitsweise und Überblick über die eigenen Aufgaben
• Selbstständigkeit und eigenverantwortliches Arbeiten nach Zielvorgaben
• Kommunikationsfähigkeit mit verbindlichem Auftreten und der Schaffung einer positiven Gesprächsatmosphäre
• Kooperations- und Teamfähigkeit und Erarbeitung von Lösungen zusammen mit anderen Teammitgliedern

Weitere Voraussetzungen

• Bereitschaft zur Teilnahme an einer erweiterten Sicherheitsüberprüfung nach § 9 Sicherheitsüberprüfungsgesetz (SÜG) sowie deren positiver Abschluss