Arbeiten an der Charité

Das Ralser-Labor an der Charité – Universitätsmedizin Berlin erforscht, wie Zellen ihren Stoffwechsel im großen Maßstab steuern. Mit Fokus auf Hefe untersuchen wir mithilfe funktioneller Genomik und moderner Massenspektrometrie die Wechselwirkungen zwischen Genen und Stoffwechselwegen. Unser Ziel ist es, grundlegende Prinzipien des Stoffwechsels zu entschlüsseln, die für Krebsforschung, Immunologie, Stoffwechselerkrankungen und die klinische Diagnostik relevant sind.

Im Rahmen des Exzellenzclusters ImmunoPreCept erforschen wir, wie kommensale Pilze, insbesondere Candida albicans, das Immunsystem prägen und zu entzündlichen Erkrankungen wie chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen (IBD) beitragen. Wir kombinieren Proteomik, Genomik und computergestützte Methoden und nutzen umfangreiche Ressourcen, darunter prospektive Patientenkohorten, eine Sammlung von 1.800 C.-albicans-Stämmen sowie modernste Proteomik-Technologien.

Die Stelle im Überblick

In diesem Projekt konzentrieren wir uns auf Mikrobiome im Allgemeinen und auf kommensale Hefen sowie auf chronisch-entzündliche Darmerkrankungen (CED). Mithilfe von Metagenomik und Metaproteomik wollen wir kommensale Pilze, wie beispielsweise den von der WHO priorisierten Krankheitserreger Candida albicans, identifizieren, das Immunsystem trainieren und den Krankheitsverlauf bei entzündlichen Erkrankungen zu beeinflussen.

• Sie werden modernste computergestützte Verfahren entwickeln und anwenden:
• Um das menschliche Mykobiom durch die Reanalyse metagenomischer Datensätze und die Verarbeitung klinischer Proben zu kartieren und so die Vielfalt der Hefespezies und -stämme zu identifizieren
• Um Multi-Omics-Daten (Zusammensetzung von Myko- und Mikrobiom, Metaproteomik, Genomik, Immunphänotypen) zu integrieren und verbesserte Strategien zur Metaproteomik-Datenanalyse zu unterstützen
• Um Prädiktoren zur Identifizierung wichtiger Pilz- und Wirtseigenschaften zu entwickeln, die die Resilienz bzw. Anfälligkeit gegenüber Entzündungen bestimmen
• Um standardisierte Bioinformatik-Pipelines für die Pilzextraktion, Metaproteomik und Stammcharakterisierung zu etablieren und dabei mit Laborforschern, Immunologen und Klinikern zusammenzuarbeiten
• Sie werden als wissenschaftliche Mitarbeiterin / wissenschaftlicher Mitarbeiter beschäftigt: Nach §110 (4) Satz 3 sieht das BerlHG für wissenschaftliche Mitarbeitende eine angemessene Zeit innerhalb der Arbeitszeit für die eigene wissenschaftliche Weiterqualifikation vor

Danach suchen wir

• Promotion in Bioinformatik, Computationale Biologie, Systembiologie oder einem verwandten quantitativen Fachgebiet
• Erfahrung in der Mikrobiom-Datenanalyse (Metagenomik/Amplikon-Sequenzierung) und Genomanalyse (Assemblierung, Annotation, vergleichende Genomik)
• Fundierte Programmierkenntnisse in Python und R, sicherer Umgang mit komplexen bioinformatischen Arbeitsabläufen
• Ausgeprägte Kommunikationsfähigkeit, Teamfähigkeit und nachgewiesene Publikationstätigkeit
• Fähigkeit zum selbstständigen Arbeiten und zur Zusammenarbeit mit anderen Forschungsgruppen

Das bringt die Charité mit

• Integration in ein großes, interdisziplinäres Team mit Schwerpunkt auf Proteomik, Proteomdatenanalyse und Mikrobiomforschung
• Direkte Möglichkeit zur translationalen Forschung mit Zugang zu IBD-Patientenkohorten, einer umfangreichen Sammlung von Candida-albicans-Stämmen sowie modernsten Proteomik- und Einzelzellplattformen
• Interdisziplinäre Zusammenarbeit im Exzellenzcluster ImmunoPreCept an einer der größten forschungsstärksten medizinischen Universitäten Europas
• Zugang zu Hochdurchsatztechnologie, umfassenden Schulungen und Möglichkeiten zur beruflichen Weiterentwicklung
• Hohe Eigenverantwortung und Spielraum für eigenständige Forschung

Wichtige Informationen zur Stelle

• Entgeltgruppe E13 TVöD VKA-K. Die jeweilige Erfahrungsstufe errechnet sich aus den geleisteten Berufsjahren. Das Monatsgehalt (brutto) ist für eine Vollzeitstelle ohne Jahressonderzahlung und Zulagen angegeben. Den Tarifvertrag finden Sie hier hier
• Die Arbeitszeit ist in Vollzeit mit 38,5 Stunden / Woche vorgesehen
• Diese Position ist bis zum 31.01.2028 befristet, da sie an eine Projektlaufzeit gebunden ist
• Bei uns sind 30 Tage Urlaub Standard
• Die Bewerbungsfrist endet am: 13.02.2026
• Kennziffer: 6278