Arbeiten an der Charité

Das übergeordnete Ziel des DFG-finanzierten Sonderforschungsbereichs "Fundamente der zirkadianen Medizin" ist es, übergreifende Prinzipien und zugrundeliegende Mechanismen zu identifizieren, die circadiane Uhr und Pathologie in verschiedenen Organen und Krankheitssystemen verbinden, um evidenzbasierte Strategien der circadianen Medizin für die klinische Anwendung zu entwickeln und zu testen.

Sie sind eine Postdoktorandin oder ein Postdoktorand im Bereich Bioinformatik / Computational Biology und möchten Teil des zentralen Dateninfrastrukturprojekts eines neu gegründeten Sonderforschungsbereichs (SFB) zur zirkadianen Medizin werden. Hierbei handelt es sich um eine Kooperation zwischen der Charité – Universitätsmedizin Berlin und der Universität zu Lübeck.
Die Stelle ist in der Arbeitsgruppe "Systembiologie Infektiöser Erkrankungen" unter der Leitung von Prof. Lisa Buchauer angesiedelt.
Enge Zusammenarbeit mit den Medizininformatikern Prof. Prasser und Prof. Poikela ist geplant.
Diese Position bietet Ihnen die Möglichkeit zur algorithmischen Entwicklung und methodischen Innovation im Bereich zirkadianer Omics-Analysen sowie die Chance, eine einzigartige, groß angelegte Sammlung zirkadianer Omics-Datensätze, Analysepipelines und Ressourcen für den SFB und darüber hinaus aufzubauen.

Die Stelle im Überblick

• Sie werden als wissenschaftliche Mitarbeiterin / wissenschaftlicher Mitarbeiter beschäftigt
• Entwicklung rechnergestützter Methoden zur Integration zirkadianer multimodaler Omics-Daten (Single-Cell- & Bulk-Transcriptomik, Proteomik, Metabolomik, hochdimensionale Zytometrie)
• Aufbau kuratierter Single-Cell-Datenatlanten aus Konsortiums- und Publikationsdaten sowie einer umfassenden Genexpressionsdatenbank für den SFB
• Weiterentwicklung unserer interaktiven Datenplattform CircMedDB (https://circmeddb.achim-kramer-lab.de/) in Zusammenarbeit mit einem Webdesigner
• Erstellung standardisierter Verarbeitungs-Pipelines für Rohdaten zur Verbesserung der Vergleichbarkeit zwischen den SFB-ProjektenBereitstellung bioinformatischer Expertise und Schulungen für Mitglieder des SFB
• Sie sind wissenschaftlich tätig: Nach §110 (4), Satz 3 sieht das BerlHG für wissenschaftliche Mitarbeitende eine angemessene Zeit innerhalb der Arbeitszeit für die eigene wissenschaftliche Weiterqualifikation vor

Danach suchen wir

• Gesucht wird eine Persönlichkeit, die Freude daran hat, nachhaltige bioinformatische Infrastrukturen aufzubauen und qualitativ hochwertige Datenressourcen zu schaffen, um den wissenschaftlichen Impact des Konsortiums zu stärken.
• Sie verfügen über eine Promotion in Bioinformatik, Computational Biology, Systembiologie oder einem verwandten Fach
• Erfahrung in der Analyse und Verarbeitung von Omics-Daten
• Sehr gute Kenntnisse in mindestens einer gängigen Programmiersprache der Bioinformatik (z. B. Python, R)
• Eigenverantwortlicher, strukturierter und detailorientierter Arbeitsstil
• Sehr gute Kommunikationsfähigkeiten für Schulungen und interdisziplinäre Zusammenarbeit
• Von Vorteil sind zudem Erfahrung mit Single-Cell-Omics-Daten und Kenntnisse im Bereich der zirkadianen Biologie
• Ebenso von Vorteil sind Erfahrung in der Entwicklung webbasierter Anwendungen zur Datenvisualisierung und der Pipeline-Entwicklung und Datenbankmanagement

Das bringt die Charité mit

• Eigene Projektideen können entwickelt werden
• Wir bieten ein kooperatives, internationales und kollegiales Arbeitsumfeld mit translationalem Fokus sowie Zugang zu moderner Recheninfrastruktur
• Vergünstigungen bei vielen Angeboten für Beschäftigte für die Bereiche Shopping, Reisen, Sport
• Die Charité ist seit 2007 zertifiziert als familiengerechte Hochschule und familiengerechtes Unternehmen - Hier finden Sie weitere Informationen

Wichtige Informationen zur Stelle

• Entgeltgruppe E13 TVÖD VKA K. Die Eingruppierung erfolgt unter Berücksichtigung der Qualifikation, die jeweilige Erfahrungsstufe errechnet sich aus den geleisteten Berufsjahren. Das Monatsgehalt (brutto) ist für eine Vollzeitstelle ohne Jahressonderzahlung und Zulagen angegeben. Den Tarifvertrag finden Sie hier
• Die Arbeitszeit ist in Vollzeit mit 38,5 Wochenstunden möglich
• Die Position ist bis zum 30.06.2029 befristet, da sie an die Projektlaufzeit gebunden ist
• Die Bewerbungsfrist endet am: 10.08.2025
• Kennziffer: ID 5014 / TRR 418