Manuel Ruff

Integration (C++) des mathematischen Modells meiner Masterarbeit in das Protein-Ligand Docking Programm PLANTS.

Titel: "Using Support Vector Regression to Develop a Quantum Chemical-based Scoring Function for the Recognition of Halogen Bonds Targeting Methionine" Entwicklung eines mathematischen Modells, das auf der Support Vector Regression basiert und mögliche Halogenbindungen zwischen Methionin und Iod vorhersagt.

Mitentwicklung einer Pipeline für die Visualisierung und Interpretation von Microarray-Experimenten mit einem Fokus auf Reverse-Phase Protein Arrays. Zusätzlich ist das ganze Projekt auf einem Galaxy Webserver frei verfügbar (http://www.ra.cs.uni-tuebingen.de/software/RPPApipe/welcome_e.html). Das Ergebnis ist Teil einer Publikation mit dem Titel: "RPPApipe: A pipeline for the analysis of reverse-phase protein array data"

Mitentwicklung einer Konvertierungsmethode zwischen verschiedenen biologischen Dateiformaten zur Visualisierung von metabolischen Netzwerken. Das Ergebnis ist Teil der Publikation mit dem Titel: "Precise generation of systems biology models from KEGG pathways"

Titel: "Vergleich von Algorithmen zur Inferenz von cis-regulatorischen Modulen." Diese Thesis beschäftigt sich mit der Regulierung der Genexpression und vergleicht verfügbare Algorithmen zur Vorhersage von cis-regulatorischen Modulen.