Dirk Berkelmann

I analyse the microbial communities in soil samples in a variety of projects regarding land use changes and effects of agricultural applications on the soil microbiome. The main focus of analyses are metagenomic techniques including full metagenome analysis and marker gene analyses. My tasks comprise the full workflow of sample analysis: From nucleic acid extraction and amplicon generation to the bioinformatic evaluation of the sequence data with R and processing software in Linux.

Proteinextraktionen aus A.thaliana Mutanten zur Erforschung von Chitin-bindenden Rezptoren und deren Analyse bei Pathogenbefall.

Analyse von bakteriellen Gemeinschaften in verschiedenen Wassertiefen im Atlantik anhand von CARD FISH, sowie Probenpräparation zur NanoSIMS Analyse.

Betreuung des Mikrobioloige Grundpraktikums.

Betreuung des zellbiologischen Grundpraktikums.

Betreuung von beeinträchtigten Kindern, sowie Grundschülern in der Nachmittagsbetreuung.

- Vollständige Analyse von Bodenproben durch Metagenomik (Markergen- und Metagenome Analyse) - Bioinformatische Auswertung und Statistik (R, Linux) - Planung und Durchführung von Feldarbeit

Mikrobielle Gemeinschaften im bottnischen Meerbusen Analyse von Verunreinigungen durch Schwermetallen im Sediment auf die mikrobielle Biomasse in Mesokosmen

- Metagenomische analyse von Sedimentproben (16S rRNA analyse) - Mesokosmos Analyse mit verschiedenen bakteriellen Zusammensetzungen - Bioinformatische Auswertung (R, Linux)

- Kultivierung und Charakterisierung von Knöllchenbakterien (Kultiverung, Gen Amplifizierung, BOX-PCR) - allgemeine Mikrobiologie und mikrobielle Ökologie - Biochemie - Genetik

- Biologie - Deutsch