Prof. Dr. Stefan Janssen

Beamtet, Professor, Justus Liebig University Giessen
Gießen, Deutschland

Fähigkeiten und Kenntnisse

Microbial Ecology
Algebraic Dynamic Programming
Big Data
Functional Programming
Software Development
Functional Annotation
RNA secondary structure prediction
Projectmanagement
Metagenomic Profiling
Machine Learning
Multi-Omics
Python
Perl
Java
Haskell
Bellman's GAP
R
C/C++
LaTeX
Bash
PHP
Makefile
gnuplot
HTML
CSS
XML
Solaris
Ubuntu
CentOS
Mint
Mac OS X
Torque
Slurm
Windows
Git
Travis
Mercurial
QIIME
QIITA
PICRUSt
ANCOM
Deblur
scikit-bio
scikit-learn
Pandas
Infernal
HMMer
Vienna RNA Package
Bielefeld RNA Studio
Stochastic Context Free Grammars
Prototype Selection
non coding RNA
Homology Search
NGS analyses
Assembly
Binning
Multiomics
Phylogenetics
Bioinformatik
Forschung
Molekularbiologie
Datenanalyse
Simulation
American Gut Project
Earth Microbiome Project

Werdegang

Berufserfahrung von Stefan Janssen

  • Bis heute 6 Jahre, seit Aug. 2019

    Professor

    Justus Liebig University Giessen

    Algorithm Design in Bioinformatics, especially in microbiome research.

  • 1 Jahr und 3 Monate, Mai 2018 - Juli 2019

    PostDoc

    Universitätsklinikum Düsseldorf
  • 2 Jahre und 1 Monat, Apr. 2016 - Apr. 2018

    Post-Doctoral Research Associate with Rob Knight

    University of California, San Diego

  • 11 Monate, Apr. 2015 - Feb. 2016

    Postdoctoral Research Fellow

    Deutsches Zentrum für Infektionsforschung DZIF

    Critical Assessment of Metagenome Interpretation

  • 6 Jahre und 5 Monate, Nov. 2008 - März 2015

    PhD Student

    Universität Bielefeld

    Research: -RNA secondary structure prediction -Homology search -Algebraic dynamic programming -non coding, functional RNA Teaching: -Programming in Haskell -Advanced Dynamic Programming -Algorithms and Data Structures -Algorithms in Bioinformatics -Detecting Regulatory Motifs -Network Programming and Grid Computing Course -Parallel Algorithms and Architectures -Perl Programming Course -Sequence Analysis with Distributed Resources

  • 7 Jahre und 9 Monate, Apr. 2005 - Dez. 2012

    Werkstudent

    Bielefeld University

    Website administration for the Chair of Molecular Cell Physiology, Prof. Dr. Dorothee Staiger, Bielefeld University

  • 7 Monate, Sep. 2009 - März 2010

    Projektleitung

    SCY-TEC GbR

    Head of a junior consultant team: Implementation of an online database about gene regulation in cancer tissues.

  • 1 Jahr und 1 Monat, Juni 2008 - Juni 2009

    Junior Consultant

    Wilhelm Böllhoff GmbH & Co KG

    Junior consultant project: Software design for activity managing.

  • 1 Jahr, Apr. 2006 - März 2007

    Tutor

    Universität Bielefeld

    Student instructor for: - Introduction to Perl - Advanced Algorithms on Sequences - Techniques for Software Development

Ausbildung von Stefan Janssen

  • 6 Jahre und 5 Monate, Nov. 2008 - März 2015

    RNA Informatics

    Bielefeld University

    Kisses, ambivalent models and more: Contributions to the analysis of RNA secondary structure.

  • 2 Jahre und 1 Monat, Okt. 2006 - Okt. 2008

    Bioinformatics and Genome Research

    Bielefeld University

    Faster computation of exact RNA shape probabilities

  • 3 Jahre, Okt. 2003 - Sep. 2006

    Bioinformatics and Genome Research

    Bielefeld University

    Shape based indexing for faster search of RNA family databases

Sprachen

  • Englisch

    Fließend

  • Deutsch

    Muttersprache

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